不会

已注册的公众号，官方不会主动注销（除非长时间没有登录被冻结注销），不影响使用，但营业执照注销后，不能进行年审或者打款验证等操作~

工商系统和微信系统不会联动处理。

企业工商系统注销后，公众号这边会影响下次的年审或其他需要验证主体业务。